中学生の頃よりリコーダー奏者となることを志し、高校進学後には演奏活動を開始する。東京大学工学部在学中、花岡和生、有田正広らのレッスンを受講しながら研鑽を積み、卒業後、コンサートシリーズ「愉・BAROQUE」を企画する等の演奏活動を経て、1987年に渡欧。アムステルダム・スウェーリンク音楽院でワルター・ファン・ハウエに師事。1992年、同音楽院を卒業し、さらにアムステルダム古楽アカデミーでジャネット・ファン・ウィンゲルデンに師事。1994年同アカデミーを修了後、ウィンゲルデン主宰のスタジオ「黄色い蛇口」のコンサートに出演する等、アムステルダムを拠点とした演奏活動を続け、2001年より日本に拠点を戻した。
帰国後は、リコーダーの様々なレパートリーを網羅的に取り上げる〈本村睦幸リコーダーシリーズ〉をはじめ、上尾直毅、櫻田亨とともに結成したアンサンブル〈ルストホッファース〉や、太田光子、村田佳生と結成したリコーダーコンソート〈SWEET FLUTES〉、山岡重治、平尾雅子らと企画する〈田園バロックコンサート〉などのコンサート活動に加え、リコーダーの指導にも力を注いでいる。また、近年では、「東京リコーダー音楽祭 2009」（読売新聞社主催）をディレクターとして成功に導くなど、リコーダー音楽のヴィジョナリーとしても注目されている。
CDに「オランダバロックの愉悦」、「バルサンティ：リコーダーソナタ全６曲」、「無伴奏リコーダー600年の旅」がある。