中学生の頃よりリコーダー奏者となることを志し、高校進学後には演奏活動を開始する。東京大学工学部在学中、花岡和生、有田正広らのレッスンを受講しながら研鑽を積み、卒業後、コンサートシリーズ「愉・BAROQUE」を企画する等の演奏活動を経て、1987年に渡欧。アムステルダム・スウェーリンク音楽院でワルター・ファン・ハウエに師事。1992年、同音楽院を卒業し、さらにアムステルダム古楽アカデミーでジャネット・ファン・ウィンゲルデンに師事。1994年同アカデミーを修了後、ウィンゲルデン主宰のスタジオ「黄色い蛇口」のコンサートに出演する等、アムステルダムを拠点とした演奏活動を続け、2001年より日本に拠点を戻した。
帰国後は、上尾直毅、櫻田亨とのアンサンブル〈ルストホッファース〉や、山岡重治、平尾雅子、下山真理子との〈田園バロックコンサート〉を経て、リコーダーの様々なレパートリーを網羅的に取り上げる〈本村睦幸リコーダーシリーズ〉や、リコーダーにとって本来的な小さなサロンのあり方を探る〈小さな室内楽〉シリーズを立ち上げている。また、2009年と2019年に開催された「東京リコーダー音楽祭」ではディレクターを務めた。
CDは「オランダバロックの愉悦」、「バルサンティ：リコーダーソナタ全６曲」、「無伴奏リコーダー600年の旅」、「テレマン：12の無伴奏ファンタジア「ナポリのリコーダーコンチェルト」のほか、「スパイと踊子」（通崎睦美）、「金魚の片思い 当摩泰久作品集」にも参加している。また、テレマンのファンタジアについては、自身の校訂版「テレマン：アルト・リコーダーのための 12の無伴奏ファンタジア」も上梓している。また2021年には「ナポリのリコーダーコンチェルト」のライブDVDを発売。最新CDは、2023年春にリリースした「フランスバロック・ソナタの展翅」。2024年にはCD「リコーダーによるオトテール作品集（仮題）」のリリースを予定している。